A Marinha Portuguesa tem uma história bastante antiga, que se liga à própria história de Portugal, aliás, a Marinha de Guerra Portuguesa é o ramo das Forças Armadas mais antigo do mundo, de acordo com uma bula papal. A primeira batalha naval da Marinha Portuguesa de que se tem conhecimento, deu-se em 1180, durante o reinado do primeiro rei de Portugal, D. Afonso Henriques, ao largo do Cabo Espichel, quando uma esquadra portuguesa, comandada por D. Fuas Roupinho, derrotou uma esquadra muçulmana.
É o Rei D. Dinis quem decide, pela primeira vez, dar uma organização permanente à Marinha Real em 1312, sendo nessa altura nomeado o primeiro Almirante do Reino, Manuel Pessanha.
No final do século XIV, dá-se início à expansão ultramarina portuguesa que se irá manter até século XVI. A Marinha toma aí o papel principal, primeiro explorando os oceanos e depois combatendo as potências que se opunham ao domínio português. A partir daí, a Marinha Portuguesa passa a actuar em todos os oceanos do mundo, desde o Atlântico ao Pacífico.
Com a União Ibérica em 1580, a esquadra portuguesa é utilizada por Filipe I (Filipe II de Espanha) para combater os inimigos da Espanha. Na sequência dessa atitude os mais poderosos navios portugueses são incorporados na Armada Invencível, sendo muitos destruídos com ela. A partir daí a Marinha Portuguesa entra num período de decadência de que já só vai recuperar muito depois da restauração da independência em 1640.
No século XVIII, a Marinha Portuguesa floresce outra vez, até atingir o seu auge por volta de 1800. É nesse período que, sob o comando do Conde do Rio Grande, e obstinação do conde de São Vicente a esquadra portuguesa enfrenta a esquadra turca no Mediterrâneo que ameaçava o sul da Europa, na Batalha do Cabo Matapão em 1717.
A partir de meados do século XIX, a Marinha Portuguesa torna-se essencialmente uma Marinha Colonial, sendo a sua principal função o apoio às guerras de pacificação e ocupação dos territórios coloniais africanos.
Na 1ª Guerra Mundial, a Marinha Portuguesa actua sobretudo na escolta dos comboios de tropas que se dirigem para África e para a França e apoia as operações contra os alemães no norte de Moçambique.
Durante a 2ª Guerra Mundial a Marinha Portuguesa tem como função principal a garantia da neutralidade portuguesa. Nessa função destaca-se a protecção do estratégico arquipélago dos Açores. No final dessa guerra a Marinha participa na libertação de Timor da ocupação japonesa.
Com o início da Guerra Fria e a entrada de Portugal na NATO, a Marinha Portuguesa passa a dar prioridade à ameaça submarina do Pacto de Varsóvia.
A partir de 1961 a Marinha volta a dar novamente grande atenção a África, sendo parte activa na Guerra do Ultramar. Nesse período dá-se uma enorme expansão do número de corvetas, navios de patrulha e lanchas de desembarque destinados a apoiar as operações anfíbias. Nesta guerra destaca-se também a actuação dos destacamentos de fuzileiros especiais em operações de contra-guerrilha e operações de assalto anfíbio, bem como de companhias de fuzileiros navais para protecção de comboios fluviais e na defesa de instalações marítimas.
Com o fim da Guerra do Ultramar em 1975, a Marinha Portuguesa torna-se, pela primeira vez em quase 500 anos, uma marinha estritamente europeia, voltando a ter como atenção principal a ameaça naval soviética.
Desde o final do século XX, com o fim da Guerra Fria, a Marinha Portuguesa passou a ter como atenção principal o apoio às operações multinacionais e o combate ao terrorismo.
